13004

13004

طراحي و پالده‌سازي يك سازوكار توزيعي براي تعيين توالي هاي كوتاه از ژنوم ها با دقت بالا

كارشناسي ارشد

كامپيوتر - نرم‌افزار

اسفندماه 1392

اسفندماه 1392

دكتر محسن شريفي

چكيده برهم¬گذاريتوالي¬ها در سال¬هاي اخير به واسطه حضور فناوري جديد از قبيلتوالي¬ياب¬هاي نسل¬ آيندهيا نسل دوم تغيير كرده ¬¬است. توالي¬هايي با اندازه كوتاه¬تر و حجم بيشتر در مدت زمان كمتر توليدشده¬اند كه روش‌ها و ابزارهاي موجود نمي¬توانند براي اين نوع از توالي¬ها استفاده شوند. پردازش حجم بالاي اينتوالي¬ها به ويژه براي ژنوم¬هاي بلند مانند انسان به يك چالش بزرگ تبديل شده و افزايشتوالي¬هاي تكراري همراه با كوتاه شدن طول توالي¬ها ابهاماتي در برهم¬گذاري ايجاد كرده است كه باعث حذف قسمت¬هاي مهمي از ساختار ژنوم مي¬شوند.وجود خطاها در توالي¬ها،ساختارگراف برهم¬گذاري را تغيير داده و تعداد يال¬ها و گره¬هاي گراف دي بروين را افزايش مي¬دهند. تصحيح خطا قبل از ساختن گراف علاوه بر كوچك كردن گراف، كيفيت ژنوم را بهبود مي¬دهد.سازوكارپيشنهادي در اين پايان‌نامه،روشي جديد براي تصحيح خطا ارائه داده است كه با استفاده از كيفيت مجموعه نوكلئوتيدهاي هر توالي تعداد خطاهاي بيشتري تصحيح مي¬شوند و در يك مورد صد هزار خطا بيشتر از الگوريتم كويك، بهترين الگوريتم تصحيح خطا، تصحيح شده¬است. پياده‌سازي اينسازوكار در بستر چارچوب پردازشي هدوپ انجام‌شده و نتايج ارزيابي‌ها نشان از بهبود كيفيت ژنوم با توجه به معيارهاي استانداردN50 و Eدارند. واژه‌هاي كليدي:برهم¬گذاري ژنوم،توالي¬هاي كوتاه،پردازش توزيعي،تصحيح خطا، توالي¬هاي نسل آينده.