15195

بررسي روش هاي يكپارچه سازي داده هاي ترنسكريپتوم با آناليز موازنۀ فلاكس هاي متابوليكي

1403

دكتر فرشته نعيم پور

يكي از رويكردهاي نوين در زيست شناسي سامانه اي، يكپارچه سازي داده هاي ترنسكريپتوم با آناليز موازنۀ فلاكس هاي متابوليكي است كه با هدف شبيه سازي واقع گرايانه تري نسبت به آناليز موازنۀ فلاكس هاي متابوليكي توسعه‌يافته است. داده هاي ترنسكريپتوم، بيان ژن ها را در شرايط مختلف محيطي و فيزيولوژيكي توصيف مي كنند؛ اما به دليل عدم ارائۀ اطلاعات مستقيم دربارۀ فعاليت آنزيم ها، به تنهايي براي تحليل رفتار متابوليكي كافي نيستند. از طرفي ديگر، آناليز موازنۀ فلاكس هاي متابوليكي، با استفاده از مدل هاي رياضي، توزيع جريان هاي متابوليكي را پيش بيني مي كند؛ اما ازآنجاكه داده هاي بيان ژن را شامل نمي شوند و يا ساير محدوديت هايي مانند محدوديت هاي ترموديناميكي براي عدم ايجاد فلاكس هايي با انرژي غيرممكن را در نظر نمي گيرند، دقت محدودي دارند. در اين پژوهش، ابتدا مباني مدل سازي متابوليكي، ترنسكريپتوميكس و چالش ها و مزيت هاي يكپارچه سازي بررسي‌شده است. سپس، روش هاي يكپارچه سازي داده هاي ترنسكريپتوم با آناليز موازنۀ فلاكس هاي متابوليكي، مزايا و محدوديت هاي آن ها و مقايسۀ آن ها شرح داده‌شده است. سپس، ابزار لازم براي انجام اين فرآيند شرح داده‌شده است و درنهايت، به كاربردهاي اين فرآيند همراه با ذكر مطالعات موردي اشاره مي شود.

1/1/1900 12:00:00 AM

87913

1404/08/05