چكيده
چكيده:
مساله‌يپيش‌بيني ساختار پروتئين , به معني پيش‌بيني كردن ساختار سه بعدي پروتئين از روي ساختار زنجيره‌ايي خطي آن, به شيوه‌ي محاسباتي, صرفا بر اساس چگونگي توالي آمينواسيدها روي رشته است. بيش از چندين دهه است كه اين مساله به‌صورت مشكلي لاينحل باقي مانده, و توسعه‌ي يك راه‌حل عملي, عموما بعنوان يك كيميا در زمينه‌ي زيست‌شناسي محاسباتي محسوب مي‌شود. علت استفاده از روش‌هاي محاسباتي,محدوديت‌هاي تعيين ساختار پروتئين به روش سنتي و تجربي بود. براي رسيدن به اين هدف,مدل‌هاي متعددي از پروتئين ارائه شده و براي هر يك از آن‌ها روش‌هاي مختلفي كه ريشه در علوم كامپيوتري,علي‌الخصوص هوش مصنوعي داشتند, مانند: روش مبتني بر الگوريتم ژنتيك , الگوريتم بهينه‌سازي كلني مورچه , و شبكه‌هاي عصبي مصنوعي , و ... مطرح شد. عموم اين روش‌ها از استراتژي‌هاي شمارشي , يا الگوريتم‌هاي جست‌و‌جو استفاده مي‌كنند كه با زياد شدن طول رشته‌ي آمينو اسيد, زمان جست‌و‌جو به صورت نمايي افزايش پيدا مي‌كند. اخيرا استفاده از روش سيستم‌هاي چند عامل در حل مساله‌ي پيش‌بيني ساختار پروتئين مورد استقبال محققينقرار گرفته است. در اين نوشتار براي حل مساله‌يپيش‌بيني ساختار پروتئين از دو گام مجزا استفاده شده‌است. در ابتدا, براي ايجاد سوگيري در ساختار اوليه آمينواسيد (رشته‌ي خطي) روشي ابتكاري مورد استفاده قرار گرفت. هدف از گام نخست , رسيدن از ساختار خطي اوليه به ساختاري قابل قبول در زماني بسيار كوتاه بود. اين كار با شبيه‌سازي تاشدن پروتئين در محيط نرم‌افزار"نت‌لوگو" صورت پذيرفت.سپس در گام بعد, به روش سيستم‌هاي چند عامل اين ساختار اوليه براي رسيدن به انرژي مناسب مورد اصلاح قرار داده شد. در نتيجه‌ي روش اعمال شده زمان رسيدن به انرژي‌هاي مطلوب به ميزان قابل توجهي كاهش يافت.
كلمات كليدي: پيش‌بيني ساختار پروتئين, روش ابتكاري, سيستم چند عامل, مدل HP, مدل مشبك On-lattice
