23276

مدلسازي ديناميك مولكولي تخريب مكانيكي گرفتگي در رگ مصنوعي

كارشناسي ارشد

طراحي كاربردي - ديناميك كنترل

1399/10/23

دكتر محرم حبيب نژاد كورايم

مكانيك

با توجه به اهميت اين موضوع كه، بيماري سنگ كليه يكي از رايج¬ترين بيماري¬ها در دنيا مي¬باشد، پرداختن به نحوه تشكيل، محل تشكيل و نوع آن¬ها به منظور رويارويي و تخريب آن¬ها امري بسيار توجيه-پذير مي‌باشد. در اين راستا روشي مبتني بر شبيه‌سازي ديناميك مولكولي براي مطالعه موضوع از بين بردن انسداد در بدن انسان توسط نانوبيوربات¬ مخرب در اين پژوهش مورد مطالعه قرار گرفته¬است. نانوبيوربات مخرب بايستي بتواند طي زمان كوتاهي لايه¬هاي ساختاري انسداد ايجاد شده را بشكند و از آن گذر كند تا باعث افزايش جريان در نانوكانال انتخابي (نفرون¬ها) بشود. نوع و مقدار نيروي اعمالي، زمان اعمال نيرو، فركانس نيرو در صورت ارتعاشي بودن آن، تاثير جنس انسداد در مقدار نيرو و زمان اعمال آن، تاثير هندسه نانوكانال يا رگ مصنوعي بر تخريب و ميزان تخريب از خروجي¬هاي اين پژوهش خواهد بود. روش شبيه¬سازي ديناميك مولكولي كه با نام روش شبه آزمايشگاهي شناخته مي¬شود، روشي است كه براي تحليل اين پژوهش مورد استفاده قرار گرفته¬است. براي بررسي تخريب مكانيكي گرفتگي در يك نمونه رگ مصنوعي، با تركيب دو علم نانورباتيك و بيوتكنولوژي، در ابتدا مروري بر فعاليت¬هايي خواهد شد كه شامل موضوعات زيستي اعم از منيپوليشن، شبيه¬سازي ديناميك مولكولي و تاثيرات محيطي مي¬باشد. سپس چكيده¬اي از مباني ديناميك مولكولي آورده شده و در آخر نيز به نتيجه¬گيري و بيان كوتاهي از افق كار پرداخته مي‌شود. در اين پژوهش، نانوبيوربات هاي مخرب داراي يك نوع هندسه بوده و از سه جنس Si، SiC و SiO ساخته شده اند. توده سنگ كليه نيز از نوع سيستين (Cystine) با جرم (grams/mole) 152593.2178 بوده و محيط شبيه¬سازي نيز محيطي مايع (آب) در درون يك نانوتيوب بوده است. ميزان نيروي ارتعاشي اعمال شده بر روي توده سنگ كليه از (eV/Angstrom) 20 تا 100 و فركانس آن نيز از GHz 12.7 تا 16.75 متغير بوده و تاثير مقدار و نحوه اعمال نيرو در خروجي ها سنجيده شده است. نانوبيوربات SiO با مدول الاستيسيته GPa 74.8 توانسته است كه در مدت زمان femto second 13200و با نيروي (eV/Angstrom) 80 بيشترين ميزان تخريب را ايجاد نمايد. اين ميزان تقريبا 20 درصد از جرم اوليه توده سنگ كليه بوده است. مقدار تخريب در نيروي ثابت (eV/Angstrom) 80، در نانوبيوربات SiO، به ترتيب 72% و 55% بيشتر نسبت به تخريب توسط نانوبيوربات¬هاي SiC و Si مي باشد. نانوبيوربات SiO تنها موردي بوده است كه نتوانسته است در نيروي (eV/Angstrom) 20 ساختار سنگ كليه را از بين برده و از آن عبور نمايد.

1399/12/20

Molecular dynamics modeling of Mechanical destruction of artificial vessel occlusion

1/13/2022 12:00:00 AM

Given the importance of the fact that kidney stones are one of the most common diseases in the world, it is very justifiable to deal with their formation, location and type in order to deal with and destroy them. In this way, a method based on simulation of molecular dynamics to study the issue of removing the blockage in the human body by destructive nanobiorbat has been studied in this study. The destructive nanobiorbate must be able to break through the structural layers of the obstruction in a short time and pass through it to increase the flow in the selected nanochannel (nephrons). The type and amount of applied force, the time of applying the force, the frequency of the force if it is vibrating, the effect of the obstruction material on the amount of force and the time of its application, the effect of geometry or artificial vessel on the degradation and the amount of degradation will be the outputs of this study. The molecular dynamics simulation method, known as the quasi-laboratory method, is the method used to analyze this research. To investigate the mechanical degradation of clogging in an artificial vessel sample, combining the two sciences of nanorobotics and biotechnology, we will first review activities that include biological topics such as manipulation, simulation of molecular dynamics, and environmental influences. Then an overview of the basics of molecular dynamics is given and finally a brief conclusion and expression of the work horizon is given. In this research, destructive nanobiurbats have a type of geometry and are made of three materials: Si, SiC and SiO. Kidney stone mass was Cystine with mass 152593.2178 (grams / mole) and the simulation medium was a liquid medium (water) inside a nanotube. The amount of vibration force applied on the kidney stone mass varies from 20 to 100 (eV / Angstrom) and its frequency varies from 12.7 to 16.75 GHz and the effect of the amount and manner of force on the outputs has been measured. SiO nanobiurbat with a modulus of elasticity of 74.8 GPa has been able to cause the most damage in a time of 13200 Fs and a force of 80 (eV / Angstrom). This amount was approximately 20% of the initial mass of kidney stone mass. The amount of degradation at constant force 80 (eV / Angstrom) in SiO nanobiurbat is 72% and 55% more than the degradation by SiC and Si nanobiorbat, respectively. SiO nanobiorbat was the only case that could not destroy the kidney stone structure in force 20 (eV / Angstrom).